深圳药品经营许可证申请的全流程指南可以概括为以下几个关键步骤：

了解法规与要求：

深入学习《药品管理法》、《药品经营许可证管理办法》等相关法律法规，以及深圳市药品监督管理部门的具体要求，明确办理药品经营许可证的条件和标准。

准备申请材料：

药品经营许可证申请表。

工商行政管理部门核发的《企业名称预先核准通知书》或《营业执照》复印件（交验原件）。

房屋使用证明（产权证或租赁协议）复印件（交验原件）。

经营场所和仓库的平面布局图。

依法经过资格认定的药学技术人员的资格证书及聘书。

企业质量管理文件及主要设施、设备目录。

其他相关证明材料，如法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历证明、无违规证明等。

申请人需准备齐全的申请材料，包括但不限于：

选择提交方式：

根据深圳市药品监督管理部门的要求，选择合适的提交方式，可以是线上提交或线下提交至指定窗口。

提交申请材料：

将准备好的申请材料提交至深圳市药品监督管理部门，并确保材料的真实性和完整性。

材料审核：

药品监督管理部门对提交的申请材料进行初步审核，确保材料齐全、规范，并符合法定形式。

如发现材料不全或不符合要求，将通知申请人进行补正。

现场核查：

通过材料审核后，药品监督管理部门将组织人员进行现场核查。

核查内容包括企业的经营场所、设施设备、管理制度、人员配备等方面是否符合要求。

审批决定：

根据材料审核和现场核查的结果，药品监督管理部门将作出是否批准的决定。

如批准，将进入下一步发证流程；如不批准，将书面通知申请人并说明理由。

颁发许可证：

对于符合条件的申请人，药品监督管理部门将在规定的时间内颁发《药品经营许可证》。

申请人需按照要求到指定地点领取证书，并注意证书的有效期和复审要求。